本作的系统基本上与前作相似，不同的是这次自机会与一名特定的妖怪组队，在全6关的故事模式中交替使用两人闯关。“人类侧”包括前作《东方妖妖梦 ～ Perfect Cherry Blossom.》中可作为自机使用的“博丽灵梦”“雾雨魔理沙”“十六夜咲夜”，以及第五关头目“魂魄妖梦（半人半灵）”四人。“妖怪侧”则分别是前两作有登场的“八云紫（妖怪）”“爱丽丝·玛格特罗依德（人偶使）”“蕾米莉亚·斯卡雷特（吸血鬼）”“西行寺幽幽子（亡灵）”四人，各自组成不同的一人一妖组别。另外，只要达成一定的条件，就可单独使用其中一名人类或妖怪进行游戏。与前作一样Easy难度下不续关破关也可以出现Good Ending和开放Extra模式，只不过因为自机角色大幅增加，所以选择武器方面则不存在于本作中。

此外本作还新增“符咒练习”（Spell Practise）模式，可以挑战已看过的各头目符卡。达成一定条件还会开放挑战各个角色（包括本作所有自机及头目）的终句（Last Word），一种只有在此模式才能挑战且难度高的符卡。

故事背景

正当夏季要过去的时候，幻想乡又再一次发生异变。本来在这一晚里会出现满月，但是月亮似乎因为某些事故以无法完整出现。这情况对人类来说没有什么特别，但对妖怪来说则是生死攸关的问题。

在幻想乡的境界栖息的妖怪八云紫察觉到这次异变的发生，因为自己一个人不方便行动，所以就邀请了博丽神社的巫女博丽灵梦一同出发解决异变。

在魔法森林居住的魔法使爱丽丝·玛格特罗伊德看见没有人要去解决异变之下，找来了同样住在魔法森林的人类雾雨魔理沙作为同伴出发。

红魔馆的主人——吸血鬼蕾米莉亚·斯卡蕾特，把家事交托给十六夜咲夜后就自行出发了。但最后咲夜还是跟上了蕾米莉亚一起行动。

白玉楼的主人－亡灵西行寺幽幽子则随便地与庭师－魂魄妖梦出外东西四走。

以一人一妖组成的四个组别，为了让满月能再次出现，于是在幻想乡中四处巡回。

游戏特色

时刻概念

本作有“时刻”的概念存在着。大致上是由停止夜晚以解决异变的设定而生的。在故事模式开始时，时刻会从11:00 p.m.开始，若未能在5:00a.m.“拂晓”（夜明け）前完成打败最终头目，将会进入Bad Ending。

刻符、评级

刻符是本作其中的一个固有道具，取得时可使下次取得点道具时的得分较高，并在通过一关后，依照取得的刻符而给予额外得分。当Miss的时候会失去一定数量的刻符。

时刻前进的条件

时刻会分以下条件而有所前进。此外，因为“时间不能倒转”的关系，时刻是不能后退的。

人间操术与妖怪操术

在高速移动时会操控人类一侧，而在低速移动时则会操控妖怪一侧。由于操作的角色不同，所以本作中高速与低速移动的分别比前两作显得更加大。高速移动的称为“人间操术”，而低速移动的则称为“妖怪操术”。此外，当人间操术时，会常驻角色的“特技”效果；而妖怪操术时，则会出现“使魔”协助作战。此外，妖怪操术时即使Power值未全满也能作道具自动搜集。

妖率计