iPhone 6S处理器升级到A9，主摄像头升级到1200万像素，前置摄像头升级到500万像素，Touch ID升级到了速度更快的2.0版，同时还支持3D Touch（压力触控升级版）。
iPhone6s屏幕使用的是Ion-X材质，据称是业界强度最高的，但并非蓝宝石。内置Force Touch功能，苹果称之为3D Touch，支持新的手势：Peek和Pop，能够感应压力的不同，给出不同的操作，例如轻按来瞥一下邮件，用力按可进入邮件编辑，就是不用打开应用就可以查看应用内容，同时游戏也支持3D Touch，看起来非常惊艳。屏幕内置电容传感器，能够感知背光和屏幕面板的距离，同时内置Apple Watch中的Taptic引擎。
配置方面，iPhone6s搭载苹果A9处理器，64位，新的晶体管架构，号称比A8快70%，GPU比A8快90%，分别是“桌面级别”和“主机级别”，当然苹果是这样说的。内置M9动作协处理器，Siri可被随时唤醒，不用插电!另外Touch ID也升级到第二代。
摄像头部分，iPhone6s采用全新的1200万像素摄像头，比之前的像素多50%，但摄像头依然凸起，苹果称其自动对焦功能更快，采用全新的Deep trench isolation技术，色彩还原更加准确，同时支持4K视频录制。前置500万像素摄像头，自拍时屏幕亮度可增强3倍，当闪光灯来用......
网络方面，iPhone6s支持2倍速LTE网络，支持23个频段，WiFi速度也增加一倍。
存储空间还是16GB起。